在2014年12月11日北大金光生命科学楼邓佑才报告厅“透视转基因”主题的科普讲座时，谈到转基因食品标记时，饶毅表示：“对转基因食品的安全性我是非常放心的，因为在原理上不会产生安全问题。如果转基因是不安全的，靠标记在中国是没有用的。中国的标记不可靠，官方不可靠，农民也不可靠。因为它根本没经过检测。目前阶段，中国官方和民间都难建立广泛的信任。在原理上经过美国批准的转基因是没有问题的。”

“我知道美国和中国都有一批科学家专门希望找到转基因的安全问题，恨不得找到漏洞可以发表很重要的论文，但事实上他们已经失望了。各个国家对于转基因安全问题都高度重视，都有真正的科学家在做负责任的研究和评估，结果明确无误地显示转基因是安全的、可控的。”饶毅表示。

“全世界没有一个国家像中国这样不可理喻。欧盟拒绝转基因是为保护本地农业市场建立壁垒，中国允许大规模种植转基因棉花，证明我们相信不存在生态风险，允许大量进口转基因玉米和大豆，是相信转基因没有食品问题，但是现在就是不允许发展自己的转基因农业，把市场和巨大利益拱手送人。还有比这更愚蠢的政策吗?”饶毅连呼不能理解。